Parafię erygował Abp Sławoj Leszek Głódź 5 listopada 2006 roku, wydzielając ją z północnej części parafii Wniebowzięcia NMP w Warszawie-Zerzniu. Pierwszym organizatorem parafii był Ks. inf. Stanisław Rawski, budowniczy kaplicy, plebani oraz fundamentów kościoła i dzwonnicy. Projektantem całości zespołu sakralnego jest Adam Wagner. 24 września 2006 roku odprawiono pierwszą Mszę Św. w tymczasowej kaplicy. Natychmiast po oddaniu kaplicy do kultu podjęto budowę kościoła, którą zakończono w październiku 2009 roku. Wtedy uroczyście przeniesiono Najświętszy Sakrament do kościoła i odprawiono pierwszą Mszę Św. Ukończenie tak dużej inwestycji było możliwe dzięki dużej ofiarności wiernych i ich zaangażowaniu w życie parafii: Ks. Krzysztof Ostojski przez niecałe 3 lata przeprowadził 26 zbiórek na budowę kościoła (19 razy chodził od domu do domu, potem nie był już w stanie i parafianie sami przynosili ofiary). Kaplicę przebudowano na aulę i nadano jej tytuł Jana Pawła II. Aula pełni różne funkcje w zależności od potrzeb: teatralną, kinową, koncertową, dyskotekową, bilardową i stołówkową. 6 listopada 2011 roku Abp Henryk Hoser SAC dokonał uroczystej konsekracji kościoła.